Der Kernspintomograph besteht aus einer großen Röhre, in die der Patient geschoben wird. Wenn vorher Platzangst oder Klaustrophobie besteht, sollte das dem Personal vorher mitgeteilt werden.
Da bei der MRT starke magnetische Felder aufgebaut werden, müssen alle magnetischen Materialien (Schmuck, Handys, Chipkarten) vorher abgelegt werden. Auch Tätowierungen sollten erwähnt werden. Durch die Magnetstrahlen kann ein Wärmegefühl an den tätowierten Stellen entstehen, wenn bei der Tätowierung ferromagnetische Farben verwendet wurden.
Zu Beginn der Untersuchung sollten Kleidung, Schmuck und alle magnetischen Gegenstände abgelegt werden. Der Patient wird dann auf einer speziellen beweglichen Liege gelagert und in die MRT-Röhre geschoben. Während der Untersuchung muss der Patient ruhig liegen und den Anweisungen des Personals folgen. Die Anweisungen werden durch einen Lautsprecher übertragen, da sich das Personal während der Untersuchung in einem anderen Raum aufhält. Die Untersuchung selbst kann bis zu 15 Minuten dauern. Die Auswertung erfolgt in der Regel während oder gleich nach der Durchführung der Kernspintomographie.