Die Baker-Zyste bessert sich in vielen Fällen bereits ohne Therapie innerhalb weniger Tage. Sie verschwindet spontan, kann aber bei Belastung immer wieder auftreten. Trotz der empfohlenen konservativen Therapie löst sich die Baker-Zyste nur selten vollständig auf. Ein Verschwinden oder Eintrocknen der Baker-Zyste ist bei der Anwendung rein konservativer Maßnahmen in der Regel nicht zu erwarten. Dies wird in der Regel nur dann erreicht, wenn die Ursache beseitigt werden konnte, also meist durch eine operative Therapie. Die Operation führt zwar zur kompletten Entfernung der Zyste, jedoch muss nach einer Operation mit einer hohen Wiederauftretensrate gerechnet werden, solange die Ursache im Kniegelenk nicht beseitigt wurde.
Nur bei bestimmten Ursachen kann eine Baker-Zyste vorgebeugt werden. Man kann einen Meniskusschaden vermeiden, indem man gelenkbelastende Sportarten und Bewegungen möglichst nicht ausführt. Stattdessen empfehlen wir schonende Sportarten wie Radfahren oder Kraulschwimmen, um die Beweglichkeit des Kniegelenks dauerhaft zu erhalten oder zu verbessern. Bei sitzenden Tätigkeiten, sollten Sie auf eine häufige Veränderung der Sitzhaltung achten. Übergewichtige Menschen sollten auf jeden Fall abnehmen.