Ursache für die Ausbildung einer Baker-Zyste ist die vermehrte Produktion von Gelenkflüssigkeit. Der Körper versucht den Schaden im Kniegelenk, wie beispielsweise eine Arthrose oder einen länger bestehenden Meniskusschaden, dadurch auszugleichen. In den meisten Fällen ist eine verschleißbedingte Ursache, also eine Arthrose oder ein Meniskusriss verantwortlich für die Ausbildung einer Baker-Zyste. Oft treten Baker-Zysten im Rahmen von Kniegelenkserkrankungen auf, die eine Reizung der Gelenkinnenhaut verursachen und dadurch zu einer vermehrten Produktion von Gelenkflüssigkeit führen.
Durch die vermehrte Produktion von Gelenkschmiere versucht das Kniegelenk, die Funktion des Gelenkes wieder zu verbessern. Hierdurch kommt es zur dauerhaften Erhöhung des Gelenkinnendrucks. In der Folge kommt es zu einer Erschlaffung des umliegenden Bindegewebes, die schwächste Stelle der Kniegelenkskapsel gibt nach und bildet eine mit Flüssigkeit gefüllte Zyste.
Die Zyste bildet wiederum einen „Überlaufsack", der über eine stielförmige Verbindung mit dem Kniegelenk verbunden ist. Dieser Stiel verläuft meist zwischen dem mittigen (medialen) Kopf des Musculus gastrocnemius (Wadenmuskel) und der Ansatzsehnenplatte der Beugemuskulatur (Musculus semimembranosus= Oberschenkelmuskel) hindurch. Manchmal nimmt der Druck innerhalb der Zyste so zu, dass die Zystenwand an einer Stelle reißt und die Flüssigkeit in die Unterschenkelmuskultar fließt (rupturierte Baker-Zyste). Dieses Ereignis führt zu heftigen Schmerzen und einer starken Entzündungsreaktion mit Schwellung und Rötung des gesamten Unterschenkels.
